3月9日当晚，船营区成立事件调查组开展调查。针对初步调查情况，3月10日，船营区教育局对春芽中东幼儿园下达临时停园通知。

　　3月14日，市、区两级疾控中心检测结果显示，送检食物中有部分食物大肠菌群超标；组织7名专家对检验结果评估鉴定，认为调查程序正确，检验方法符合国家有关规定，流行病学调查数据真实可靠，医疗救治及时有效，患儿病情发展、临床症状与样品检验结果高度吻合，作出鉴定结论如下：当日食物中羊肉冬瓜汤和蔬菜粥大肠菌群超标，引起食源性疾病。

　　根据调查结论，吉林市食药监局船营分局对船营区春芽中东幼儿园依法作出查处决定：决定给予五万元罚款的行政处罚。同时，责令船营区春芽中东幼儿园立即进行整改，整改完成并经验收合格后方可复园。

　　3月14日，有一名家长带患儿自行到吉林大学第一医院进行毒物检测，结果显示为“溴敌隆”呈阳性，信息传播出去之后，部分家长提出检测要求，鉴于吉林市不具备该检测能力，3月16日下午，船营区相关领导带队，前往吉林大学第一医院帮助协调有关事宜。同时，在吉林市中心医院开辟绿色通道，对部分儿童进行采血送检。截至18日下午4点，该园有150名幼儿和8名教职员工进行了检测，有10名幼儿检测出“溴敌隆”呈阳性。

　　针对“溴敌隆”检测情况，食药监部门于3月16日连夜将船营区春芽中东幼儿园饮用水、食品留样，送往吉林大学第一医院进行检测。送检的饮用水、食品留样均未检出“溴敌隆”成分。公安部门连夜介入调查。通过查封相关证据，扩大食物检材提取范围，对该园36名工作人员逐人询问，调取监控影像资料等措施，未发现异常情况。

　　3月18日，国家卫生计生委高度重视这一事件，派出专家组到长春指导工作。3月19日，在国家专家组现场指导下，严格按照国家检测规范要求，对吉林大学第一医院提供的两份峰值最高的“溴敌隆阳性”血液样本进行平行复核检测。当晚出具复查结论如下：

　　1、3月9日，发生在船营区春芽中东幼儿园的事件，儿童病情及食物鉴定结果，符合大肠菌群超标引起的食源性疾病特征，吉林省、吉林市处理得当。

　　2、检测“溴敌隆”呈阳性儿童临床表现、化验检查结果，均不符合抗凝血灭鼠剂中毒特征。

　　3、吉林大学第一医院检测中心出具的10例幼儿血液样本，从检测方法、程序及谱图均不能做出“溴敌隆阳性”的报告。

　　4、经对吉林大学第一医院提供的两份峰值最高的“溴敌隆阳性”血液样本进行平行复核检测，结果均为：未检出“溴敌隆”成分。

　　基于以上基本情况，专家组认为：船营区春芽中东幼儿园“溴敌隆阳性”事件为吉林大学第一医院实验室检测错误所致。