2006年7月26日，上海的《新民晚报》上刊登了一则《本想“锦上添花”，不料惹出官司》的新闻，新闻说，上海市某高校材料学研究所的王教授发表论文，未经该校另一名陈教授同意将其署为第二作者。没想到陈教授并不领情，反而认为王教授侵犯了他的名誉权，两名大学教授为此对簿公堂。

　　事实上，这篇报道中的被告“王教授”就是薛小怀，而原告“陈教授”正是前文提到的举报人——上海交通大学材料学院的教师杨军，他们都在焊接所从事研究教学工作。

　　2005年4月，有人告诉杨军，《兰州理工大学学报》2004年8月(第30卷专辑)发表了一篇题为《高强高韧性焊接材料的研究进展》的论文，杨军是第二作者。杨军很诧异，因为自己并没有参与到相关研究中，而当看到第一作者是薛小怀时，当即跑去质问薛，“薛小怀对我一笑了之，我们没有争吵。当时，周围还有其他同事，但大家都认为这不是什么严重的事情。”杨军说。

　　2005年8月，杨军一纸诉状将薛小怀告上法庭，称薛小怀侵犯了自己的名誉权。此案几经辗转，分别在2005年7月10日、2006年10月11日和2007年2月1日进行了三次审理。

　　杨军诉称，薛小怀的《高强高韧性焊接材料的研究进展》一文，不仅侵犯了自己的名誉权，而且该文为薛小怀以同一内容第四次发表文章，属于一稿四投文章，其他同一内容的3篇文章分别为：《焊接学报》2001年8月第4期，第22卷，《超低碳贝氏体(ULCB)焊接材料的研究进展》；《材料导报》2001年10月第15卷第10期，《超低碳贝低(原文如此，应为“氏”，记者注)体(ULCB)钢研究进展及应用》；《造船技术》2004年第1期，总第257期，《高强钢的超低碳微合金化》。

　　记者仔细对照了这四篇文章，确有不少内容雷同，尤其是一些试验数据和图表完全一样。比如，《高强高韧性焊接材料的研究进展》一文中的表1和《超低碳贝氏体(ULCB)焊接材料的研究进展》一文中的表1完全一样，而《高强钢的超低碳微合金化》一文中的“典型ULCB钢的化学成分”一表和《超低碳贝低(原文如此，应为“氏”，记者注)体(ULCB)钢研究进展及应用》一文中的表1完全一样。

　　杨军认为，薛小怀的行为严重侵犯了自己的名誉权，因此要求薛小怀为自己恢复名誉，消除影响，公开致歉，同时赔偿精神损害抚慰金1万元。

　　而薛小怀的律师则出具了一份2004年国家自然科学基金申请书，申请者为薛小怀，项目组主要成员中则有杨军，并且有杨军的签名。薛小怀解释称，《高强高韧性焊接材料的研究进展》一文就是出自这项课题申请书的报告正文，而杨军也是该申请书的共同作者，因此文章应该同时署上杨军的姓名。

　　对此，杨军指出，自己在2004年3月9日才从法国回到上海，而该项目的申报日期是2004年2月12日，自己虽然确实在申请书上签了名，但是在薛小怀的请求下才签名的，而且，这个项目申请并没有被批准，而申请书上的6个项目组成员只有两个签名，申请书也只有合作单位——宝山钢铁股份有限公司技术中心的公章，却没有上海交通大学的公章。

　　2007年3月20日，法院最后判定，薛小怀将杨军列入自己文章的作者名单，有不妥之处，应当承担相应的民事责任，判决薛小怀在《兰州理工大学学报》上刊登更正启事，为杨军消除影响，但3986元的诉讼费用，薛小怀只负担100元，其余的3886元都由杨军承担。

　　杨军不服，又向上海第一中级人民法院提起上诉，但由于他无力承担高昂的诉讼费用，在申请免除诉讼费请求没有得到同意的情况下，法院按上诉人自动撤回上诉处理，宣布维持原判。